Герб и флаг Мышкинского муниципального округа (они же герб и флаг города Мышкина) утверждены 30 мая 2002 года решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" №17. Согласно тексту этого решения:

"Статья 2.
За основу герба Мышкинского муниципального округа взят герб, разработанный и утвержденный в 1778 году.
Герб представляет собой следующую композицию:
Французский щит (прямоугольный с малым заострением внизу) заполнен зеленой эмалью. В центре содержит французский щиток (малый щит), разделенный на две части: верхнюю и нижнюю часть щита в соотношении 4:3.
В верхней части, заполненной серебряной эмалью (белой краской), размещено победренное изображение медведя коричневого цвета с секирой на левом плече. Секира – золотой эмали. В нижней части на червленой эмали (ярко-красной краске) – серая мышка. Обе фигуры, если встать лицом к гербу, идут влево.
За щитом герба два золотых якоря накрест положенных, с золотыми дубовыми листьями, соединенными Александровской (алой) лентой.
Щит украшен золотой башенной короной с тремя зубцами и увенчан императорской короной, которые соединенные вместе составляют одну корону.
Допускается воспроизведение герба Мышкинского муниципального округа в многоцветном и упрощенном черно-белом варианте без императорской короны и внешнего обрамления герба, с башенной короной.
Герб Мышкинского муниципального округа одновременно является гербом г. Мышкина". "

Использованы материалы сайта Аналитического центра Администрации Ярославской области

Согласно новой редакции закона о местном самоуправлении был создан Мышкинский муниципальный район, в состав которого вошло городское поселение город Мышкин, а также сельские поселения Приволжское, Охотинское, Рождественское, Шипиловское.

Решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального района Ярославской области от 28 декабря 2006 года №70 "О внесении изменений в решение Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа от 30.05.2002 года N 17 "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" герб бывшего Мышкинского муниципального округа был закреплён за Мышкинским муниципальным районом. Если раньше герб Мышкинского муниципального округа являлся одновременно и гербом города Мышкина, то с 2006 года этот герб закреплён исключительно за муниципальным районом. Для городского поселения город Мышкин вероятно будет составлен другой герб.

Примечательно, что в статье 16 Решения было введено запрещение на использование даже отдельных элементов герба "в качестве геральдической основы гербов (геральдических знаков) муниципальных образований Мышкинского муниципального района", общественных объединений, организаций. Теперь берегись, Микки-Маус!

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Решением Собрания депутатов Мышкинского МР от 18 сентября 2011 года №66 в решение о гербе и флаге от 30.5.2002 года внесены изменения, не касающиеся внешнего вида герба и флага.