В 1927 году город был преобразован в село Мышкино, с 1943 года — посёлок городского типа. В 1988 году возвращено имя Мышкин, а в 1991 году — статус города.

Герб Мышкина утвержден 31 августа 1778 года (закон №14765 датирован 20 июня; на рисунках дата утверждения 31 августа 1778; из текста видно, что 20 июня Сенат только решил поднести гербы на "высочайшую конфирмацию" императору, само же утверждение, видимо, состоялось в августе того же года) вместе с другими гербами Ярославского наместничества.

"Мышкинскому.
Щит в зеленом поле, щиток на два разрезан; в серебряном поле герб сего Наместничества; в другой части в червленом поле мышка, доказывая название сего города". [ПСЗ №14765]

Герб сочинен товарищем герольдмейстера фон Энденом.

Использованы материалы статьи О.Рево в журнале "Наука и жизнь" №10, 1978; описание - ПСЗ РИ

Герб Мышкина среди других гербов уездов Ярославского наместничества на карте 1794 г.

...

Неутверждённый проект герба Мышкина (1863): "В зеленом щите серебряный в потоплении щит, в котором черная мышь. В вольной части герб Ярославской губернии, щит увенчан серебряной стенчатой короной и окружён золотыми колосьями, соединенными Александровской лентой.

Рисунок подготовлен для "Геральдикума" Ю.Калинкиным

Геральдистом-энтузиастом С.А.Акатовым выпускался сувенирный значок с эмблемой пгт. Мышкино (авт. дат. проекта - 1986 г.; реализация в виде значка - кон. 90-х - нач. 2000-х (?)). Видимо, этот вариант эмблемы не использовался и не утверждался официально.

Материалы геральдического архива В.Маркова.

Герб и флаг Мышкинского муниципального округа (они же герб и флаг города Мышкина) утверждены 30 мая 2002 года решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" №17. Согласно тексту этого решения:

"Статья 2.
За основу герба Мышкинского муниципального округа взят герб, разработанный и утвержденный в 1778 году.
Герб представляет собой следующую композицию:
Французский щит (прямоугольный с малым заострением внизу) заполнен зеленой эмалью. В центре содержит французский щиток (малый щит), разделенный на две части: верхнюю и нижнюю часть щита в соотношении 4:3.
В верхней части, заполненной серебряной эмалью (белой краской), размещено победренное изображение медведя коричневого цвета с секирой на левом плече. Секира – золотой эмали. В нижней части на червленой эмали (ярко-красной краске) – серая мышка. Обе фигуры, если встать лицом к гербу, идут влево.
За щитом герба два золотых якоря накрест положенных, с золотыми дубовыми листьями, соединенными Александровской (алой) лентой.
Щит украшен золотой башенной короной с тремя зубцами и увенчан императорской короной, которые соединенные вместе составляют одну корону.
Допускается воспроизведение герба Мышкинского муниципального округа в многоцветном и упрощенном черно-белом варианте без императорской короны и внешнего обрамления герба, с башенной короной.
Герб Мышкинского муниципального округа одновременно является гербом г. Мышкина". "

Использованы материалы сайта Аналитического центра Администрации Ярославской области

Согласно новой редакции закона о местном самоуправлении был создан Мышкинский муниципальный район, в состав которого вошло городское поселение город Мышкин, а также сельские поселения Приволжское, Охотинское, Рождественское, Шипиловское.

Решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального района Ярославской области от 28 декабря 2006 года №70 "О внесении изменений в решение Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа от 30.05.2002 года N 17 "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" герб бывшего Мышкинского муниципального округа был закреплён за Мышкинским муниципальным районом. Если раньше герб Мышкинского муниципального округа являлся одновременно и гербом города Мышкина, то с 2006 года этот герб закреплён исключительно за муниципальным районом. Для городского поселения город Мышкин решено разработать другой герб.

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Герб муниципального образования "город Мышкин" утвержден Решением Муниципального Совета городского поселения Мышкин от 20 февраля 2007 года №1. Официальное описание герба:

"Герб представляет собой следующую композицию:
Французский щит (прямоугольный с малым заострением внизу) заполнен зеленой эмалью. В центре содержит французский щиток (малый щит) разделенный на две части: верхнюю и нижнюю часть щита в соотношении 4:3.
В верхней части, заполненной серебряной эмалью (белой краской) размещено победренное изображение медведя коричневого цвета с секирой на левом плече. Секира - золотой эмали. В нижней части на червленой эмали (ярко красной краске) - серая мышка. Обе фигуры, если встать лицом к гербу, идут влево".

Использованы материалы сайта Администрации города Мышкина

Герб городского поселения Мышкин внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3103.

Решением Муниципального совета ГП Мышкин от 16 февраля 2011 года №6 в решение о гербе от 20.2.2007 г. внесены некоторые технические правки.