Административный центр района, а затем округа - село Устье (Усть-Кубенское, Устье-Кубенское).

Герб района утвержден 26 ноября 2001 года решением № 82 Представительного собрания Усть-Кубинского муниципального района "О гербе Усть-Кубинского муниципального района". Автор герба - Олег Свириденко (г.Вологда). Официальное описание герба:

"В зеленом поле - стоящая золотая рысь настороже. В лазоревой главе - два накрест положенных серебряных якоря, поверх которых - золотой лапчатый крест с удлиненным нижним плечом. В левой вольной части - герб Вологодской области".

"Рысь и зеленый фон символизируют местную фауну и лесные богатства района. Лазоревая глава символизирует озеро Кубенское. Два перекрещенных якоря символизируют речной порт Устье. Золотой крест напоминает о сказании об основании монастыря на острове Каменном. Ладью князя Глеба Васильковича в 1260 году озерный шторм выбросил на клочок земли среди бурных волн. Возблагодарив Бога за чудесное спасение, Глеб дал обет построить там монастырь - Спасо-Каменный"

Использованы материалы статьи О.Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург).
Использовано изображение герба на сайте http://www.cultinfo.ru/pasport/region/

Герб внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 976.

Решением Представительного Собрания Усть-Кубинского муниципального района от 28 апреля 2003 года № 21 в решение от 26.11.2001 г. были внесены некоторые изменения.

В 2022 году Усть-Кубинский муниципальный район был преобразован в Усть-Кубинский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Усть-Кубинский район сохранился.

Герб муниципального округа утвержден Решением Представительного Собрания Усть-Кубинского муниципального округа от 24 ноября 2022 года № 88 "Об утверждении Положения о гербе Усть-Кубинского муниципального округа Вологодской области". Фактически для округа подтвержден существующий герб Усть-Кубинского района.

1.2. Геральдическое описание герба Усть-Кубинского муниципального округа:
«В зеленом поле стоящая золотая рысь настороже. В лазоревой (голубой, синей) главе два накрест положенных серебряных якоря, поверх которых золотой лапчатый крест с удлиненным нижним плечом. В левой вольной части герб Вологодской области».
1.3. Герб может существовать в двух равноправных версиях: полной - с вольной частью; упрощенной – без вольной части.
1.4. Символика герба:
«Фигура золотой рыси символизирует фауну района.
Зеленый фон герба символизирует обилие лесов в районе, лесную промышленность, сельское хозяйство, а также процветание, стабильность. Зеленый цвет является символом нового роста, плодородия, природы и радости.
Золотой крест символизирует просвещение, является символом христианской веры и Церкви, а также древним знаком власти. Крест в геральдии указывает на то, что деяния и заслуги гербовладельца легендарны.
Серебряные якоря символизируют речной порт Устья. Якорь является символом надежды.
Золото в геральдике – символ прочности, богатства, величия, интеллекта и прозрения.
Серебро – символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Голубая глава символизирует озеро Кубенское и реку Кубена давшую название району. Лазурь – символ красоты, мягкости и величия.
Герб Вологодской области, помещенный в вольной части (в верхнем левом углу), указывает на территориальную принадлежность к Вологодской области.»

Собрание законодательства Вологодской области

Рысь изображена и на въездном знаке села Устье-Кубенское.

Использовано изображение въездного знака на форуме "Фалеристика" (сообщение пользователя "НИК")