Административный центр района - село Шуйское.

Существовало некое решение № 47 от 20.04.2000 г. Комитета районного самоуправления Междуреченского муниципального района Вологодской области, которое вероятно описывало первую версию районного герба (отменено в 2001 году).

Герб утвержден 27 декабря 2001 года решением №215 Комитета районного самоуправления. Авторы герба - Любовь Соколова (г.Грязовец) и Олег Свириденко (г.Вологда). Герб внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1163. Официальное описание герба:

"В зеленом поле - серебряный вилообразный крест, обремененный черным якорем, перевитый золотой цепью и сопровождаемый справа золотой сосной с такой же кроной и корнями, а слева - хлебным снопом того же металла. В вольной части - герб Вологодской области".
1.3. Герб может существовать в двух равноправных версиях: полной - с вольной частью; упрощенной - без вольной части.

"Герб Междуреченского района представляет собой изображение двух рек - Шуи и Сухоны, у правого берега которой расположен районный центр - с. Шуйское. Якорь символизирует то, что с XIV века Шуйское стало центром речного судостроения. Сосна и сноп символизируют природные особенности района и основной профиль занятий местного населения"

Использованы материалы статьи О.Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург).
Использовано изображение герба на сайте http://www.cultinfo.ru/pasport/region/

Решением Представительного Собрания Междуреченского муниципального района от 29 августа 2006 года № 239 в решение о гербе 2001 года внесены некоторые изменения (см. редакцию 2006 года).

По сообщению В. Маркова

В 2022 году Междуреченский муниципальный район был преобразован в Междуреченский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Междуреченский район сохранился.