В 1929 году в составе Вологодского округа Северного края был образован Шуйский район с центром в селе Шуйское. В 1931 году район переименован в Междуреченский. В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района, в его составе выделялось 4 сельских поселения. В 2022 году Междуреченский муниципальный район был преобразован в Междуреченский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Междуреченский район сохранился. Центр муниципального округа и административного района - село Шуйское.

Существовало некое решение № 47 от 20.04.2000 г. Комитета районного самоуправления Междуреченского муниципального района Вологодской области, которое вероятно описывало первую версию районного герба (отменено в 2001 году).

Герб утвержден 27 декабря 2001 года решением № 215 Комитета районного самоуправления. Авторы герба - Любовь Соколова (г. Грязовец) и Олег Свириденко (г. Вологда). Герб внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 1163. Официальное описание герба:

"В зеленом поле - серебряный вилообразный крест, обремененный черным якорем, перевитый золотой цепью и сопровождаемый справа золотой сосной с такой же кроной и корнями, а слева - хлебным снопом того же металла. В вольной части - герб Вологодской области".
1.3. Герб может существовать в двух равноправных версиях: полной - с вольной частью; упрощенной - без вольной части.

"Герб Междуреченского района представляет собой изображение двух рек - Шуи и Сухоны, у правого берега которой расположен районный центр - с. Шуйское. Якорь символизирует то, что с XIV века Шуйское стало центром речного судостроения. Сосна и сноп символизируют природные особенности района и основной профиль занятий местного населения"

Использованы материалы статьи О. Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург).
Использовано изображение герба на сайте http://www.cultinfo.ru/pasport/region/

Решением Представительного Собрания Междуреченского муниципального района от 29 августа 2006 года № 239 в решение о гербе 2001 года внесены некоторые изменения (см. редакцию 2006 года).

По сообщению В. Маркова

В 2022 году Междуреченский муниципальный район был преобразован в Междуреченский муниципальный округ.

Решение Представительного Собрания Междуреченского муниципального округа от 21 сентября 2022 года № 8 "О гербе Междуреченского муниципального округа Вологодской области" установило для Междуреченского муниципального округа тот же самый герб, который использовался муниципальным районом.

Решение Представительного Собрания Междуреченского муниципального округа от 26 августа 2026 года № 48 внесло изменения в Решение от 21.09.2022 г. "О гербе..." - уточнена ответственность за проявление неуважения к гербу муниципального округа.