Город образован в 1991 году из одноименного посёлка, который возник в 1980 году.

Герб города Агидель утвержден городским Советом народных депутатов 18 мая 1995 года. Автор герба - художник-оформитель Х.Галеев. На гербе города изображен стилизованный голубь, курай - элемент национального герба, орбиты электронов, символизирующие Башкирскую АЭС. Стилизованные волны в нижней части щита символизируют реку Агидели.

По сообщению В.Маркова.

Приводим также изображение этого герба на городском сайте Агидели.

Использовано изображение герба на городском сайте Агидели

Герб города Агидель утвержден решением Совета городского округа город Агидель Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года № 121. Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2946, а также - внесен в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 065. Автор герба - Салават Гилязетдинов. Описание герба:

"В лазоревом поле пониженный волнистый лазоревый, окаймленный и просеченный серебром пояс, сопровожденный червленым шаром, окруженным тремя серебряными цикломорами (один в пояс, два наискось) и разомкнутым вверху и внизу венком из двух золотых оливковых ветвей".

Обоснование символики:

Герб отражает историческую и экономическую особенности города, а также его географическую привязанность.
Город Агидель расположен на правом берегу нижнего течения реки Белой (Агидель). Основанный как город-спутник Башкирской АЭС, город Агидель неразрывно связан с атомной энергетикой. На атомной энергетике в перспективе будет базироваться и экономика города, поэтому центральной фигурой герба выбран знак атома.
Окружение атома разомкнутым оливковым венком указывает на мирный характер атома.
Также золотой оливковый венок символизирует в гербе процветание, славу и богатство города.
Лазоревый цвет поля герба – это символ совершенства, миролюбия и щедрости, а также движения вперед, надежды и мечты.
Серебряный цвет в гербе – символ веры, духовности, благородства, чистоты и искренности.
Красный цвет знака атома символизирует тепло, а также любовь к родному городу, мужество, смелость и великодушие его жителей.
Расположение города в бассейне больших рек изображено серебряными волнистыми линиями.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан

Муниципальные награды и знаки

Знаки Почетного гражданина г. Агидель и "За заслуги".

По информации В. Попоски