Проект флага Усть-Багарякского сельского поселения утвержден Постановлением Совета депутатов Усть-Багарякского сельского поселения Кунашакского муниципального района от 11 апреля 2008 года № 93:

"2. Геральдическое описание и обоснование символики герба Усть-Багарякского сельского поселения
2.1. Геральдическое описание герба Усть-Багарякского сельского поселения гласит: «Поле разбито опрокинутым серебряным вилообразным крестом на лазурь, зелень и червлень; поверх всего вырастающий снизу золотой пшеничный колос».
2.2. Обоснование символики герба Усть-Багарякского сельского поселения.
Герб Усть-Багарякского сельского поселения отражает исторические, географические, национальные особенности.
Усть-Багарякский сельский Совет создан в 1922 году на базе крестьянских хозяйств, о чем аллегорически говорит золотой колос.
Колос – символ плодородия, животворный силы, говорит о сельскохозяйственной направленности поселения.
Золото (желтый) – символ богатства, справедливости, уважения, великодушия.
Усть-Багаряк расположен на границе трёх областей – Челябинской (красная часть флага), Свердловской ( синяя часть флага) и Курганской (зеленая часть флага). Помимо этого красный (багряный) отражает наименование поселения: багаряк – багряный – красный – красивый. Места здесь очень красивые, что аллегорически показывают синий и зеленый цвета поля герба, дополняя природную символику герба.
Лазурь (синий) – символ чести, славы, преданности, постоянства, истины, красоты и добродетели.
Зелёный цвет – символ жизни, изобилия, возрождения, здоровья.
Вилообразный опрокинутый крест показывает, что село Усть-Багаряк расположено в устье двух рек – Багаряк и Синары. Усть-Багаряк – самое большое селение на Синаре. И в самом Усть-Багаряке ее долина распахнулась широко, русло раздваивается, обтекая острова, большие и малые.
Серебро (белый) – символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности.
2.3. Герб Усть-Багарякского сельского поселения может воспроизводиться и размещаться в многоцветном и одноцветном равнодопустимых вариантах. Герб Усть-Багарякского сельского поселения в одноцветном варианте может воспроизводиться шафировкой (условной штриховкой для обозначения цветов)
2.4. Рисунки герба Усть-Багарякского сельского поселения в многоцветном, одноцветном и одноцветном шафировкой вариантах приводятся в приложениях 1,2,3 к настоящему Положению, являющихся неотъемлемыми частями настоящего Положения
2.5. Автор герба: Галина Туник (Москва).

По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на официальный сайт Усть-Багарякского с.п.

Герб СП внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4052.