Гербовая эмблема района Нагатинский Затон утверждена распоряжением префекта ЮАО №21-381/8 от 28 августа 1998 года. Официальное описание и объяснение гербовой эмблемы района:

"Геральдическое описание
В щите московской формы левая повышенная серебряная волнообразная перевязь. В верхнем пурпурном поле серебряное городище - три древних жилища, огороженных пятиугольным частоколом с открытыми воротами. В нижнем зеленом поле перекрещенные серебряные молот, древний речной якорь, современный речной якорь. Под щитом на серебряной ленте надпись пурпурными буквами "Нагатинский Затон".
Объяснение
Зеленое поле символизирует обилие зеленых насаждений в современной застройке района, наличие паркового массива на территории района и близость музея-заповедника "Коломенское". Пурпурное поле символизируют неразрывную историческую связь района с селом Коломенским и пребыванием в этой местности великих князей и царей российских, начиная с XIV века: Ивана Калиты, Ивана Грозного, Алексея Михайловича, Петра I, Екатерины II и Елизаветы Петровны. Волнообразная серебряная перевязь символизирует расположение района по обе стороны Москвы-реки. Древнее городище символизирует существование в данной местности древнего поселения - Дьякова городища, уникального явления местной первобытной культуры. Два скрещенных якоря и молот серебряного цвета означают наличие в районе Московского судостроительного и судоремонтного завода, Академии водного транспорта и Южного речного вокзала".

Использовано изображение герба и другие материалы из архива И.С.Сметанникова (Монино)

Герб муниципального образования Нагатинский Затон утверждён Решением муниципального Собрания № 01-03-8/4 от 9 марта 2004 года.

"Геральдическое описание:
В щите московской формы левая повышенная серебряная волнообразная перевязь. В верхнем пурпурном поле серебряное городище - три древних жилища, огороженных пятиугольным частоколом с открытыми воротами. В нижнем зеленом поле перекрещенные серебряные молот в столб, древний речной якорь, современный речной якорь.
Объяснение символики
Зеленое поле символизирует обилие зеленых насаждений в современной застройке местности, наличие паркового массива и близость музея-заповедника “Коломенское”. Пурпурное поле символизирует неразрывную историческую связь территории Нагатинского затона с селом Коломенским и пребыванием в этой местности великих князей и царей российских, начиная с XIV века: Ивана Калиты, Ивана Грозного, Алексея Михайловича, Петра I, Екатерины II и Елизаветы Петровны. Волнообразная серебряная перевязь символизирует расположение муниципального образования по обе стороны Москвы-реки. Древнее городище символизирует существование в данной местности древнего поселения Дьякова городища, уникального явления местной первобытной культуры. Два скрещенных якоря и молот серебряного цвета символизируют находящиеся в Нагатинском затоне Московский судостроительный и судоремонтный завод, Академию водного транспорта и Южный речного вокзал.

Использованы материалы И. Карташова

Обновленные герб и флаг муниципального округа Нагатинский затон в городе Москве утверждены решением Совета депутатов муниципального округа Нагатинский затон № 13/06 от 25.12.2019 года. Описание герба:

"В зеленом поле - левая повышающая волнистая перевязь, отделяет пурпурный верхний правый угол, а зелень обременена двумя якорями накрест, поверх которых положен в столб молот; все фигуры серебряные".

Обоснование символики герба муниципального округа Нагатинский затон.
В связи с отказом Геральдического совета при Президенте Российской Федерации в государственной регистрации ранее существовавшего герба муниципального округа Нагатинский затон из-за имевших место нарушений юридического и геральдического характера, было принято решение о разработке официальных символов (герба и флага) муниципального образования в соответствии с установленными требованиями.
За основу при построении нового герба муниципального округа Нагатинский затон, исходя из преемственности исторических традиций, было принято поле гербового щита ранее существовавшего герба внутригородского муниципального образования Нагатинский затон.
Муниципальный округ Нагатинский затон находится на юге города Москвы и располагается на правом берегу реки с одноименным названием, как полуостров, окружённый с трех сторон водной гладью. Граница района проходит по северным границам территории музея-заповедника «Коломенское», далее по пр-ту Андропова, старому руслу Москвы-реки, шлюзам №№ 10,11 на Москве - реке до музея-заповедника «Коломенское».
У муниципального округа Нагатинский затон богатое историческое прошлое. Там, где сейчас находятся кварталы современной застройки, в прошлом были расположены хорошо известные в истории государства Российского подмосковные села: Коломенское, Нагатино.
Название района и муниципального округа Нагатинский затон происходит от названия села Нагатино. Первые письменные упоминания о старинных подмосковных селах Коломенское и Нагатинское встречаются в духовных грамотах 1336 и 1339 г. г. Московского князя Ивана Калиты, собирателя земель русских. Село Коломенское входило в Коломенскую дворцовую волость и являлось летней резиденцией русских царей. В настоящее время территория музея-заповедника «Коломенское» входит в границы муниципального округа Нагатинский затон, на что аллегорически указывает пурпурный цвет правой верхней части гербового щита.
Вокруг села Нагатино исстари было много заливных лугов и озер, которые жители могли использовать для постройки и ремонта судов. В Нагатино и поныне существует «заводь» (или затон) - бухта (залив) со спокойной, стоячей водой, аллегорически обозначенной в гербе левой повышенной серебряной перевязью.
К территории муниципального округа Нагатинский затон также относится большой парк зеленых насаждений, расположенный на полуострове севернее от жилых кварталов муниципального образования в так называемой Нагатинской пойме. На наличие в этом месте парка аллегорически указывает зеленая часть поля гербового щита. Здесь же располагается крупнейший в Европе крытый культурно-развлекательный центр с ландшафтным парком, терренкуром и велосипедными дорожками, расположенными вокруг него, а также благоустроенная набережная Москвы-реки.
В тридцатые годы прошлого века на берегу затона был введен в действие Московский судостроительный и судоремонтный завод. Основное направление работы завода было - судостроение и ремонт самоходного флота, изготовление судовых механизмов и светосигнальной аппаратуры.
Первое судно коллективом завода было построено в 1938 году. Особенно популярными на речных путях стали теплоходы типа «Москвич», так называемые речные трамвайчики.
Наличие на территории муниципального округа судостроительного предприятия в последствии дало название этому муниципальному образованию. После проведения административной реформы, проведенной в Москве в 1991 году прежние районы, были упразднены и образованы административные округа, в том числе и Южный административный округ, в территориальных границах которого в 1995 году и был создан район Нагатинский Затон, а в 2003 году в территориальных границах района был создан еще и муниципальный округ под тем же названием, что и район. В 2014 году по программе реновации промышленных зон Москвы Московский судостроительный и судоремонтный завод был закрыт, а на его бывших территориях построен жилой комплекс. Оставшиеся от завода производственные мощности перенесены в город Рыбинск.
В память о судостроительном предприятии, ранее существовавшем на этих землях и давшим им существенное развитие, в зеленом поле гербового щита помещены скрещенные якоря с наложенным поверх них молотом.
Пурпур – символизирует верховенство власти, могущество, древнее происхождение, достоинство, благочестие, щедрость.
Серебро – символ веры, простоты, благородства и открытости, покаяния и скорби.
Зелень - символ весны, радости, плодородия, надежды, возрождения и здоровья.
Якорь – символ стабильности, уверенности и надежды.
Молот – символ труда, достижения цели, созидания, один из первых помощников человека.

Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12830.

Использованы материалы геральдического архива В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым