Герб Гафурийского района утвержден решением Совета муниципального района Гафурийский район Республики Башкортостан от 18 июля 2006 года № 9-75з. Первоначально его композиция несколько отличалась от установившейся потом. Описание сначала было таким: "В серебряном поле с серебряной полукруглой оконечностью и зелеными тонко окаймленными золотом грядой бегущих вниз волн боковиками поверх всего лазоревый фонтан исходящий из оконечности, поверх которого в оконечности наложен лазоревый овал, обремененный серебряным знаком, представляющим собой соединенные тамги башкирских родов Табын, Кесы и Кальсер". Но в ходе консультаций герб был несколько изменён (без принятия нового решения).

Поправленный герб внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 3209, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 003. Автор герба - Салават Гилязетдинов. Описание герба района:

"В серебряном поле с зелеными боковиками, окантованными бегущими вниз волнами, лазоревый фонтан, бьющий из лазоревого овала, в оконечности обремененного серебряным знаком, представляющим собой соединенные тамги башкирских родов Табын, Кесы и Кальсер".

В самом центре Башкортостана, на исторических землях обитания Табынских и Юрматинских башкир, вдоль берегов красавицы Агидели, на склонах седого Урала расположена земля гафурийцев.
Центральной фигурой герба является лазоревый фонтан, олицетворяющий неповторимую красоту края, его богатство уникальными целебными источниками, сероводородом и лечебными грязями. Редкое сочетание природных факторов, лечебные силы "святых" источников позволили открыть на территории района курорт "Красноусольск" известный далеко за пределами республики.
Лазоревый овал символизирует Белое Озеро - уникальный памятник природы Башкортостана.
Богатство района лесом и плодородие почвы символически изображены в виде зеленых деревьев с золотым орнаментом "кускар".
Зеленый цвет также означает изобилие, радость, покой и мир.
Соединенные тамги Кесе, Кальсер - табынцев и юрматинцев символизируют народную память и почитание своей истории.
Серебряное основное поле герба является символом веры, духовности, благородства, чистоты и искренности, в полной мере свойственных трудолюбивому многонациональному народу района.
Золотой орнамент "кускар" - символ земледелия, скотоводства, которыми гафурийцы занимались издревле и поныне.

Материалы сайта Курултая Республики Башкортостан. Данные о первой версии герба - от В. Маркова